Modele iad

Cette prédiction est attendue lorsque les duplications apparaissent comme des répétitions en tandem. Il existe de nombreux exemples qui appuient cette attente, y compris les gènes Hox (79), les globines (80) et les gènes de l`opsine rouge-vert humain (81, 82). L`exemple le plus frappant est peut-être le génome de Trypanosoma cruzi, qui contient ≈ 50% de séquences répétitives, composées principalement de protéines de surface, de rétrotransposons et de répétitions subtélomériques (83). Le génome contient 1 052 grappes paralozygotes de ≈ 2 gènes et jusqu`à 46 grappes ou ≈ 20 gènes. Environ 15% du nombre total de gènes sont des pseudogènes. Alors que les doublons peuvent souvent être en tandem, le modèle de l`IAD ne nécessite pas cette agrégation d`ordres directs, car des mécanismes alternatifs de duplication génique chez les eucaryotes peuvent générer des copies dans l`ordre inverse ou sur des chromosomes différents (58, 84, 85). Plusieurs modèles existent qui tentent d`expliquer comment les nouvelles fonctions cellulaires des gènes et leurs produits protéiques encodés évoluent à travers le mécanisme de duplication et de divergence. Bien que chaque modèle puisse expliquer certains aspects du processus évolutif, l`importance relative de chaque aspect n`est pas encore claire. Cette page présente uniquement les modèles théoriques qui sont actuellement discutés dans la littérature.

Les Articles de revue sur ce sujet peuvent être trouvés en bas. Le terme de néofunctionalisation a été inventé pour la première fois par force et al., 1999 [4], mais il fait référence au mécanisme général proposé par Ohno 1970. [1] le résultat à long terme de la Neofunctionalization est qu`une copie conserve la fonction d`origine (préduplication) du gène, tandis que la deuxième copie acquiert une fonction distincte. Il est également connu comme le modèle MDN, «mutation au cours de la non-fonctionnalité». La principale critique de ce modèle est la forte probabilité de non-fonctionnalisation, c`est-à-dire la perte de toutes les fonctionnalités du gène, en raison de l`accumulation aléatoire de mutations. 5 [6] les modèles classiques (MDN) et la subfonctionnalisation prévoient que la séquence d`un nouveau gène montrera la preuve d`une période hors sélection. En revanche, le modèle de l`IAD décrit ici prédit que les nouveaux gènes (avec de nouvelles fonctions) se présentent sous une sélection positive continue. Les tests directs appuient la sélection continue pendant l`évolution des nouveaux gènes (13, 22). Un exemple particulier de sélection pendant la divergence est le gène de Drosophila Jingwei, qui a acquis huit remplacements et pas de substitutions synonymes sur les 30 millions années estimées au cours desquelles il a surgi (88). Le germe de l`idée présentée ici a été suggéré par Frank Stahl lors de la première audition du modèle d`amplification pour la mutation adaptative et tout en regardant les tortues Galapagos dans le zoo de San Diego. L`idée a suivi un week-end de discussions sur le nouveau problème de gène avec Stahl, Russell Lande, et J.R.R.